يُمثل التعاون الاقتصادي أحد أهم محاور العلاقات الثنائية، ولا سيما في قطاعات التعدين، البنية التحتية، التجارة والاستثمار. وقد أُبرمت بين البلدين اتفاقية لتجنب الازدواج الضريبي على الدخل عام 2011، كما توجد اتفاقية لحماية وتشجيع الاستثمار. كذلك شهد التعاون الاقتصادي بحث فرص في قطاع التعدين، خصوصًا البوكسيت في منطقة بوكي.
ويُعد قطاع التعدين ذا أهمية خاصة في العلاقات الاقتصادية، نظرًا للمكانة الكبيرة التي تتمتع بها غينيا في إنتاج البوكسيت، ولوجود استثمارات إماراتية سابقة في هذا القطاع، بما في ذلك استثمارات مرتبطة بشركة الإمارات العالمية للألمنيوم. وقد شهد هذا الملف خلال السنوات الأخيرة بعض التحديات، الأمر الذي يجعل استقرار البيئة الاستثمارية وحماية الاستثمارات من الموضوعات المهمة في مستقبل العلاقات الاقتصادية بين البلدين."
